Betis gjorde et realt forsøk på å snu 1-4 på hjemmebane, men Marcus Rashford scoret det eneste målet da Manchester United nådde kvartfinalen i europaligaen.
Med 1-0-seier torsdag går Rashford og lagkameratene videre fra åttedelsfinalen med 5-1-seier sammenlagt.
Den formsterke United-spissen hadde nettopp brent to store sjanser før han bestemt feide ballen ned i hjørnet i kampens 56. minutt. Da kunne gjestene puste lettet ut etter tidvis å ha blitt satt på prøve av et tent Betis-lag.