Det bekrefter klubben i en pressemelding torsdag formiddag.
Sunnmørsposten skrev tidligere i uka at Nilsen hadde fått sparken, men det ble da tilbakevist og Nilsen ledet Aalesund borte mot Molde onsdag kveld.
Der ble det 0-3-tap og Aalesund står etter fem kamper med null poeng, null scorede mål og tolv baklengsmål. De er følgelig også klart sist i Eliteserien.
I pressemeldingen skriver klubben at de er takknemlige for Nilsens innsats i Aalesund, og at han har skapt et godt grunnlag som de er «overbevist om vil gi gode resultater fremover».
– Det er mye uforløst potensial i spillergruppen, og vi føler oss trygge på at vi vil løfte oss fra den tunge sesongstarten, skriver klubben i pressemeldingen.
De legger til at de nå jobber med å få på plass en ny trenerløsning.
Aalesunds neste kamp er hjemme mot FK Haugesund på søndag.
Nilsen ble ansatt i Aalesund sommeren 2020. Da lå Aalesund som tabelljumbo og Nilsen klarte ikke å redde dem fra et nedrykk. De rykket opp den påfølgende sesongen, før de i fjor ble nummer ni.